1、康熙帝收复台湾，消除了东南沿海的长期威胁，使国家实现了实质性的大一统。这奠定了现代中国版图的基础，巩固了清朝在东南地区的统治，加强了中央政府对边疆的管辖，维护了国家领土主权的完整与统一。
2、台湾的回归促进了台湾与大陆的经济文化交流。清廷在台湾设立一府三县，将其正式纳入清朝版图，推行与内地相同的行政体制。这加速了台湾的开发进程，推动了当地经济文化的发展，加强了台湾与大陆的血肉联系，使台湾成为中华民族不可分割的一部分。
3、此举结束了郑氏集团与清廷对峙的局面，扫清了海上障碍。这有利于清朝集中精力处理北方的沙俄威胁和西北的准噶尔部问题，为康熙帝之后平定边疆叛乱、巩固多民族国家的统一创造了有利的外部环境。
4、收复台湾还沉重打击了西方殖民势力。当时西方殖民者已在亚洲扩张，郑氏政权有时与外国势力有染。收复台湾后，清朝加强了对台湾的防御，有效地遏制了西方殖民者对中国东南沿海的侵略企图，保障了国家安全。