1、腐乳发酵的主要微生物是毛霉，此外还有根霉以及少量酵母菌和细菌参与。
2、毛霉是腐乳发酵中的核心菌种，常见的有雅致放射毛霉、五通桥毛霉、总状毛霉、高大毛霉和腐乳毛霉等。毛霉属于真核生物，代谢类型为异养需氧型，菌丝发达，生长的适宜温度为15至25摄氏度。在发酵过程中，毛霉能分泌大量蛋白酶和脂肪酶，将豆腐中的蛋白质水解为多肽和氨基酸，把脂肪水解为甘油和脂肪酸，这正是腐乳鲜美醇厚、口感细腻的原因。
3、根霉也是常用的发酵菌种，主要有米根霉、华根霉等，与毛霉亲缘关系较近。根霉比毛霉更耐高温，生长温度范围更宽，不受季节限制，夏季生产时常采用。根霉还能分泌活性很强的淀粉酶，把淀粉糖化并产生少量乙醇和乳酸，进一步丰富腐乳的风味。
4、在腐乳制作中，先让豆腐上长出毛霉进行前期发酵，再加盐腌制，最后加卤汤装瓶密封进行后期发酵。加盐的目的是析出水分、抑制杂菌生长；卤汤中的酒和香辛料既能防腐杀菌，又能赋予腐乳独特的香味。
5、需要说明的是，毛霉和根霉都属于对人无害的“好霉菌”，与能产生黄曲霉毒素的黄曲霉完全不同，因此食用正规生产的腐乳是安全的。