1、宣政院是元朝设立于中央的特殊机构，其主要职责是掌管全国佛教事务，并统辖吐蕃（今西藏）地区的军政事务，集宗教管理与地方治理于一身。
2、在佛教事务方面，宣政院负责管理全国的佛教僧侣、寺产、僧官任免及宗教活动等各项事宜，由帝师兼领院使，地位崇重。根据元朝规定，各省佛教方面的一般性事务可设行宣政院驻当地处理。
3、在治理吐蕃地区方面，宣政院下辖乌思藏纳里速古鲁孙等三路宣慰使司都元帅府，分管前藏、后藏、阿里以及甘青、川滇藏区，其具体职责包括向西藏地方政权传宣中央政令、清查户口、厘定赋税、建立驿站、管理驿站运转，以及遇有战事时指挥驻藏蒙古军队。遇重大军事行动时，由宣政院与枢密院联合负责处理。
4、宣政院的长官由帝师或亲信大臣担任，通常还派出萨迦本钦管理西藏本地行政事务，由萨迦派法王提名、元朝皇帝任命。这一体制使西藏地区正式纳入中央政府的直接行政管辖之下，是元朝对西藏行使主权的重要制度标志。
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